تعد كلية الهندسة من أحدث الكليات العلمية في الجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة، وقد بدأت في تقديم برامجها الأكاديمية في السنة الدراسية 1434/1435 هـ. وتقدم الكلية منحاً دراسية للطلاب تشمل جميع دول العالم تماشياً مع رسالة الجامعة الإسلامية العالمية. ووفقاً لرؤية المملكة العربية السعودية 2030، تتطلع الكلية إلى تقديم تعليم هندسي متميز على أحدث المعايير المحلية والعالمية لطلابها وتعزيز نشاط البحث العلمي الهادف إلى المساهمة في التنمية الاقتصادية والاجتماعية للمجتمع المحلي والعالمي.