أُنشئت عمادة القبول والتسجيل عام 1400هـ، وتُعنى باستقبال طلبات الالتحاق بالجامعة الإسلامية، ودراستها وفق الأنظمة واللوائح المنظّمة لذلك، وتسجيل الطلاب، وإنهاء إجراءاتهم، منذ قبولهم وحتى تخرّجهم. تندرج تحت عمادة القبول والتسجيل أربع وكالات، وهي: وكالة العمادة لشؤن القبول، ووكالة العمادة لشؤن التسجيل، ووكالة العمادة لشؤون المِنَح، ووكالة العمادة للتطوير.