أُنشئت عمادة الدراسات العليا بالجامعة بالقرار الوزاري رقم ٧/٢ وتاريخ 1416/6/11هـ المتوج بالموافقة السامية بالتوجيه البرقي رقم ٧/ ب / ٩٠٤٥ وتاريخ 1416/6/27هـ، علماً أن الدراسات العليا كانت قائمة قبل إنشاء العمادة حيث، صدر المرسوم الملكي رقم م/٧٠ بتاريخ 1395/8/7هـ بالموافقة على نظام الجامعة الإسلامية وقد تكون من أقسام وكليات ومنها: قسم الدراسات العليا.
وقد افتتحت أول شعبة من شعب الدراسات العليا يوم 1395/11/23هـ، تم توالى افتتاح بقية الشعب وكانت تتبع قسم الدراسات العليا في الجامعة حتى عام ١٤١١هـ حيث دُمجت الدراسات العليا في الكليات حتى أُنشئت عمادة الدراسات العليا سنة ١٤١٦هـ، وفي عام ١٤٤٥هـ دُمجت عمادة البحث العلمي مع عمادة الدراسات العليا لتشكلان عمادة واحدة باسم: عمادة الدراسات العليا والبحث العلمي. ثم عدَل مسمى العمادة في عام 1447هـ ليكون عمادة الدراسات العليا
