أساس نشأة قسم الأنظمة كان بإستحداث برنامج الماجستير في الأنظمة كبرنامج دراسات عليا في قسم القضاء والسياسة الشرعية في كلية الشريعة في عام 1428هـ. ثم استحدث قسم الأنظمة كقسم مستقل عن القضاء والسياسة الشرعية في كلية الشريعة بتاريخ 14/11/1430هـ بموافقة خادم الحرمين الشريفين رئيس مجلس الوزراء رئيس مجلس التعليم العالي وذلك على محضر الجلسة السادسة والخمسين بمجلس التعليم العالي المعقودة بتاريخ 22/10/1430هـ. ثم استقل قسم الأنظمة والقسم القضاء والسياسة الشرعية في كلية الأنظمة والدراسات القضائية لتضم قسمي الأنظمة والدراسات القضائية.